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啤酒杀菌方式可分为装瓶前杀菌和装瓶后杀菌两种。
(1)装瓶前杀菌即瞬时杀菌,又称高温短时间杀菌,就是啤酒在板式换热器中被加热到68~72℃,保温50s,然后迅速被冷却至初始温度。瞬时杀菌要严格控制进酒压力始终要高于CO2的饱和压力,因此,必须配置1.2MPa的高压泵使整个过程持续2min。瞬间杀菌方式几乎不损害啤酒质量。
(2)装瓶后杀菌 即喷淋杀菌,是目前国内外采用最广泛的巴氏杀菌方法之一。对于啤酒装瓶后的巴氏杀菌,目前国内采用的主要是隧道式喷淋杀菌机。啤酒装瓶后,被杀菌机输送带从隧道一端缓慢地运送至隧道的另一端,在输送过程中经过若干段不同温度水的喷淋，使啤酒与瓶子一起被加热至62摄氏度左右，经过保温、冷却等阶段完成杀菌过程，最终达到杀菌的目的。
与瞬时杀菌不同,喷淋杀菌机将啤酒和包装容器一起杀菌,使啤酒和瓶子一同被加热到要求的杀菌温度,并在该温度下保温一定时间。然后逐渐冷却到环境温度。这种杀菌方式可靠性是很高的。瞬间杀菌与喷淋杀菌相比,它能保证杀菌时间,具有明显优势,但由于对啤酒瓶的卫生状态和无菌灌装技术要求较高,要普及应用还需一定时间。
